Para prevenir el condiloma acuminado lo mejor es practicar sexo seguro, y para ello se debe de utilizar preservativo de látex durante las relaciones, así como evitar el contacto sexual con personas infectadas.
No obstante, a veces el uso del preservativo no evita la propagación del condiloma, porque las verrugas pueden aparecer en áreas no protegidas alrededor de los genitales, por lo que hay que tener mucho cuidado.
Además, existe una vacuna para el condiloma acuminado, que se utiliza como medida de prevención en jóvenes recién entradas en la pubertad. Esta vacuna también ayuda a evitar el cáncer de cuello de útero.
Asimismo, existe una vacuna llamada Gardasil que protege de las cepas del VPH que causan las verrugas genitales, protegiendo también de las cepas que suelen causar cáncer cervical. Se recomienda la vacunación en niñas y niños de 11 y 12 años, antes de que las personas sean sexualmente activas.